Mobilisé le 29 Août en qualité de Capitaine de Réserve, Jean Roubier est blessé par balle au coude droit. Il est fait prisonnier à l’hôpital de Raon l’Etape. Le 8 octobre 1940, il est renvoyé pour inaptitude au service, par les autorités allemandes. Le jour même, il rejoint Paris et est démobilisé le 14 décembre 1940.

 

En 1942, Jean Roubier est encouragé par Emmanuel Sougez à exposer des photographies au Salon des artisans de la Seine, organisé par Pierre Jahan, dans la section « Métiers de France ».

 

En 1943 et 1944, Jean Roubier est l’un des photographes actifs de la Résistance, rejoignant le réseau Gallia. Il renseigne alors les corps d’armées et la police en reproduisant des documents confidentiels. Jean Roubier photographie les destructions que la guerre a fait subir au patrimoine français, (à Comblanchien, Strasbourg, Rouen, Caen, etc.) mais aussi la liesse de la Libération de Paris.

 

Le 16 avril 1945, Jean Roubier reçoit les instructions de M. Maurois, responsable de la Section Professionnelle du Mouvement de Libération Nationale, à « favoriser la création de Commissions professionnelles de la photographie ».